Olimpik havuz temizliği oldukça önemlidir. Havuzun sürekli kirlenmesi durumunda, bakteriler ve virüsler hızla üreyebilir ve insanları hasta edebilir. Bu nedenle, her gün en az bir kez temizlenmesi gerekir. Ayrıca, suyun sıcaklığı da dikkate alınmalıdır. Sıcak su, bakterilerin üremesini hızlandırabileceğinden, daha sık temizlenmelidir.