Prefabrik havuzların temizliği, herhangi bir bakteriyel enfeksiyonun oluşumunu önleyebilmek için oldukça önemlidir. Ayrıca, temiz bir havuz daha uzun süre kullanılabilir ve daha güzel görünür. Prefabrik havuzların temizliği için öncelikle filtre sisteminin temizlenmesi gerekir. Filtre sistemi, kirli suyun geçmesiyle birlikte havuzun temizliğini sağlar. Prefabrik havuzlarında bulunan kirliliği tamamen ortadan kaldırmak için, herhangi bir kemik, taş veya çöp gibi kirleticileri temizleyin. Ayrıca, havuzun dibindeki kirlilikleri temizlemek için, bir fırça veya su jeti ile havuzun dibini temizleyebilirsiniz.